Luego de varias denuncias por irregularidades en el manejo de tierras, la Superintendencia de Sociedades ordenó someter a control los bienes de este Fondo.
El ministro de Agricultura, Juan Camilo Restrepo, ordenó a los directivos del Fondo desde septiembre de 2011 suspender las operaciones relacionadas con la transferencia del dominio de tierras.
Esta decisión fue adoptada tras una serie de investigaciones, denuncias y hallazgos de la Superintendencia de Notariado y Registro.
En carta enviada al representante del Fondo, el Gobierno le ordenaba que "el Fondo debe adelantar las acciones jurídicas y acopiar la información que permita aclarar las transacciones de predios correspondientes a la Hacienda Tulapas y cumplir las decisiones judiciales y administrativas que obliguen a reversar”.