Por el daño fiscal de $12.723 millones, la Contraloría imputó cargos contra los ex ministros de Agricultura Andrés Felipe Arías y Andrés Fernández, los ex viceministros Juan Camilo Salazar y Fernando Arbeláez Soto, dentro del proceso por AIS 

La imputación de cargos en este proceso de responsabilidad fiscal fue hecha por la Contralora Intersectorial Anticorrupción, Lina María Tamayo, quien considera que en este caso se evidencia una gestión fiscal inoportuna e ineficaz por la pérdida de recursos del Programa AIS en gastos distintos a difusión, divulgación y socialización de ciencia y tecnología- Convenios 078 de 2006, 003 de 2007, 018 de 2008 y 037 de 2009 suscritos con IICA(Se contrataronpautas radiales en diferentes cadenas radiales, se contrataron pautas en revistas de amplia circulación,  mensajes de texto a operadores de teléfono celular; se pagaron gastos de viaje y tiquetes aéreos para divulgación de programa AIS,  Stand en ferias, pendones y volantes de AIS, entre otros).  

Se consideró también que hay gestión fiscal inoportuna e ineficaz por la pérdida de recursos, por gastos distintos a los destinados para la administración de recursos para la ejecución, implementación y otorgamiento de los distintos apoyos, incentivos y demás instrumentos que integran el programa “Agro Ingreso Seguro-AIS. (créditos al sector Agropecuario)- Convenio 040 de 2010 suscrito con FINAGRO.