Porque los movimientos irregulares no se pudieron hacer a sus espaldas puesto que el era el jefe de cartera, el Ente Investigador pidió que el ex ministro sea condenado por los delitos de peculado por apropiación y celebración indebida de contratos dentro del proceso que se le adelanta por el escándalo de Agro Ingreso Seguro.

En dos ocasiones Andrés Felipe Arias se ha declarado inocente de los delitos que la fiscalía le endilgó de contrato sin cumplimiento de requisitos legales y peculado por apropiación de terceros, al considerar que habría utilizado el programa bandera de su administración como plataforma política para encontrar apoyo en empresarios para su precandidatura presidencial.