Al resolver la apelación interpuesto por la Fiscalía, el Tribunal Superior de Antioquia, Sala Penal de Descongestión, revocó la absolución impartida a cuatro procesados por la masacre de San José de Apartadó, y los condenó a 34 años de prisión, cada uno, como responsables de los delitos de homicidio en persona protegida y concierto para delinquir agravado.
Los condenados en segunda instancia son: Alejandro Jaramillo Giraldo, Jorge Humberto Milanés Vega, Darío José Brango Agámez y Edgar García Estupiñán, absueltos por el Juzgado Segundo Penal del Circuito Especializado de Antioquia el 4 de agosto de 2010 e integrantes para la época de los hechos del Ejército Nacional.
Como pena accesoria el Tribunal les impuso a esas personas multa de 18.666.66 salarios mínimos mensuales legales vigentes y ordenó sus capturas. Así mismo, la segunda instancia confirmó la absolución impartida para otros seis militares procesados por los delitos ya mencionados.
También, recientemente, el Juzgado Adjunto al Primero Penal del Circuito Especializado de Antioquia sentenció a 40 años de prisión a Edwin Elías Polo Charrasquiel, alias Carepalo, por los punibles de homicidio en persona protegida y concierto para delinquir agravado.