La investigación inició luego de una denuncia radicada por el colectivo de abogados José Alvear Restrepo quienes argumentaron que el exoficial, Freddy Padilla de León habría incurrido en omisiones  al desempeñarse como comandante de una guarnición militar en el departamento del Meta en la época de las masacres de Mapiripán y Puerto Alvira.

El presidente de la colectividad, Luis Guillermo Pérez explicó que "la única respuesta que he obtenido ha sido del fiscal 28 de la Unidad de Derechos Humanos que adelanta las investigaciones por las masacres de Mapiripan y la que se registró en Puerto Alvira, en el sentido de que a los fiscalías delegados ante la corte suprema de justicia que por tratarse de generales, sean ellos los competentes en adelantar las investigaciones en contra de los generales y ha compulsado copias".

Por su parte el general salió a la defensiva y reiteró que "Cuando los hechos ocurrieron, yo personalmente solicité la investigación a la justicia y a la Procuraduría y eso fue hace tanto tiempo que los hechos fueron fallados en su debido momento”

Así mismo manifestó que “los colombianos saben que si por algo me he caracterizado es por haber sido un oficial ejemplar, cumplidor de su deber y al servicio de los colombianos. Siempre defendí la Constitución y la ley y la seguiré defendiendo"

Dicho caso pasó por un fiscal de la unidad de derechos humanos a los delegados de la Corte Suprema de Justicia, por lo que se espera que en pocos días se decida la situación del general Padilla.

Cabe recordar que la tragedia sucedió en 1997 y cerca de 21 personas fueron masacradas por paramilitares.