Serias debilidades siguen presentado en el cumplimiento de sus funciones, sobre todo de control, una buena parte de las Corporaciones Autónomas Regionales que fueron auditadas por la Contraloría General de la República en el segundo semestre de 2015. 

 La Contraloría encontró temas relevantes comunes en los resultados de estas auditorías, como el hecho de que persistan debilidades en los procesos de liquidación, facturación y cobro de las licencias ambientales.

 Por ejemplo, en la Corporación Autónoma de la Frontera Nororiental – Corponor, se detectó que en varios expedientes se realizó la liquidación y cobro de las visitas ambientales con tarifas ya derogadas.

 Mientras tanto, en la Corporación Autónoma Regional del Canal del Dique – Cardique, se evidenció que se realizaron visitas de seguimiento sin que previamente se haya realizado la facturación, la que se realizó a posteriori, como consecuencia hay expedientes (vigencias 2013 y 2014) donde se ha realizado el cobro sin resultados y otros inclusive siguen sin facturar.

 Se advierten también debilidades en la gestión de tasación y cobro de multas por parte de varias Corporaciones (Corponor, CAM, Corantioquia, CRQ y CSB), donde en algunos casos no realizan cobro persuasivo, en otras no realizan el cobro coactivo y en ocasiones no se remite el expediente con la respectiva sanción para ser gestionado, por todo lo cual existen saldos sin cobrar.

En concreto, el ente de control  encontró varias deficiencias, como falta de seguimiento, expedientes revisados sin que se encuentre la respectiva visita o sin que sea acogido mediante acto administrativo o con vacíos conceptuales que no permiten que se refleje un adecuado seguimiento a los permisos ambientales.

 En algunas Corporaciones, pese a la existencia de denuncias o de hechos que se estiman sancionables no se evidencia el inicio de Procesos Administrativos Ambientales, en otros casos no se da un trámite diligente de los mismos,  hay mora procesal y errores en las  notificaciones. Estas situaciones se detectaron en Corponor, CAM, Cardique, CDA, Corantioquia, Cornare, Corporinoquia, CRQ y CSB.

 Una debilidad común en algunas Corporaciones (Corponor, CAM, Carder, CRQ  y CSB) se encuentra en la gestión de cartera: en ocasiones no realizan el cobro persuasivo, en otras no realizan el cobro coactivo y en otros casos no se generó o adjuntó el título respectivo para que fuera gestionado, por todo lo cual existen saldos sin cobrar.

 En Cornare, el organismo  formuló una observación en el sentido de que esta corporación no ha tomado los correctivos necesarios para que los operadores de las Plantas de Tratamiento de Aguas Residuales (PTAR) de su jurisdicción subsanen las deficiencias que tienen en los sistemas de tratamiento.

  En el ámbito administrativo, la Contraloría encontró debilidades en la supervisión contractual de las siguientes entidades del sector ambiental: el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, CAM, Corpocaldas, Corpoorinoquia, CRQ,  Invemar y Parques Nacionales Naturales de Colombia.

 Se evidenciaron incumplimientos en las labores de supervisión y seguimiento de los contratos, falta de diligenciamiento de los formatos utilizados en esta labor y en algunos casos falta de información relevante.

 También se encontraron documentos sin la denominación de factura de venta y facturas que no indican el régimen al que pertenecen. El hallazgo encontrado fue  reportado a la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales DIAN.