Álvaro Gómez consiguió  persuadir  a sus colegas de la Asamblea Nacional Constituyente de apoyar su propuesta de consagrar  la Fiscalía General de la Nación en la Carta de 1991. El objetivo era entrar a combatir el delito con eficacia, las mafias, que se habían vuelto tan sanguinarias y poderosas, que tenían en jaque y en fuga a una parte de las instituciones y la sociedad.  El jefe conservador llevaba varios años  proponiendo desde El Siglo la reforma para  evitar que siguiéramos por el despeñadero de la impunidad y el desafío permanente en las calles de los facinerosos  que se exhibían con sus carros blindados, los sicarios y se vanagloriaban de poder comprar o en su defecto eliminar periodistas, servidores públicos, policiales, jueces y magistrados, como lo hacían  frente a un país avergonzado, aturdido, impotente y acorralado por el hampa. A partir de la creación de la Fiscalía General de la Nación, de la entrada en funcionamiento del CTI, comienza a cambiar el panorama desolador de los jueces abatidos por las balas de la delincuencia  y se ven resultados positivos con la captura de sus jefes y sicarios  que antes aterrorizaban a las mismas autoridades. Los legisladores de 1991 que acompañaron a Álvaro Gómez en el propósito de modernizar la justicia y crear una Fiscalía con dientes para combatir la delincuencia, saben que en ese proyecto se avanzó contra la corrupción de  funcionarios y elementos de  cuello blanco, que deslizaban sus garras  por el Tesoro Público y contrataban abogados que  garantizan la libertad por unos cuantos millones, apenas una parte de sus ganancias ilícitas en sus “negocios” con el Estado. Depurar la justicia de  elementos corruptos era la obsesión del notable dirigente político, puesto que esos funcionarios como las manzanas podridas le hacían daño inmenso a su eventual eficacia en cualquier sistema que se ideara para combatir el delito. En el Artículo 250 de  la Constitución de 1991 se consagró la propuesta que aprobaron los legisladores: Corresponde a la Fiscalía General de la Nación, de oficio o mediante denuncia o querella, investigar los delitos y acusar a los presuntos infractores ante los juzgados y tribunales competentes. Se exceptúan los delitos cometidos por miembros de la Fuerza Pública en servicio activo y en relación con el mismo servicio. Para tal efecto la Fiscalía General de la Nación deberá: 1. Asegurar la comparecencia de los presuntos infractores de la ley penal, adoptando las medidas de aseguramiento. Además, y si fuere del caso, tomar las medidas necesarias para hacer efectivos el restablecimiento del derecho y la indemnización de los perjuicios ocasionados por el delito. 2. Calificar y declarar precluidas las investigaciones realizadas. 3. Dirigir y coordinar las funciones de policía judicial que en forma permanente cumplen la Policía Nacional y los demás organismos que señale la ley. 4. Velar por la protección de las víctimas, testigos e intervinientes en el proceso.5. Cumplir las demás funciones que establezca la ley. El Fiscal General de la Nación y sus delegados tienen competencia en todo el territorio nacional. La Fiscalía General de la Nación está obligada a investigar tanto lo favorable como lo desfavorable al imputado, y a respetar sus derechos fundamentales y las garantías procesales que le asisten. En ese artículo se resume toda una filosofía que en la praxis cambió la historia de la justicia penal en Colombia; como se ve allí se exceptuaban los delitos de la fuerza pública, dado que estando en guerra contra la subversión debían tener un trato especial como corresponde dentro de nuestra tradición jurídica. Un  sorprendente acuerdo inconstitucional entre un ministro de Defensa y un Fiscal General, lo que tuvo consecuencias nefastas, casi descalabra las Fuerzas Armadas. Entuerto  que el Gobierno de Juan Manuel Santos, con el apoyo conservador y de los partidos de orden logró enmendar en el Congreso. La Fiscalía investiga los delitos y acusa a los presuntos infractores hasta entregarlos  a los jueces, que son los que fallan. La Fiscalía precluye, no se trata de dejar en el limbo las investigaciones. La Fiscalía vela por la protección de  las víctimas, testigos e interviene en el proceso. Este punto clave para evitar que el crimen organizado siguiera eliminando a denunciantes y testigos. Y algo fundamental en el caso Colmenares que ha sido seguido por la opinión pública y que explica la acción de la fiscal Martha Lucía Zamora: “La Fiscalía General de la Nación está obligada a investigar tanto lo favorable como lo desfavorable al imputado, y a respetar sus derechos fundamentales y las garantías procesales que le asisten”. Álvaro Gómez descartó el sistema acusatorio oral, por contrariar nuestra tradición cultural.