En Yopal las protestas se produjeron por alteraciones en los tarjetones. En Fundación, Magdalena, los ciudadanos se tomaron la sede de la Registraduría.

Aunque en términos generales la jornada electoral transcurrió en calma, hubo algunos municipios y regiones donde se presentaron alteraciones del orden público por presuntos fraudes.
Uno de los casos más delicados se vivió en Yopal, Casanare, cuando poco después de concluida la jornada de elecciones, una multitud llegó al lugar donde se estableció el centro de computo y el escrutinio, lanzando piedras como protesta contra un posible fraude electoral.
La protesta inició después de que la alcaldesa de Yopal, Lilian Fernanda Salcedo, denunciara ante las autoridades la existencia de tarjetones marcados en varios puestos de votación de esa ciudad.
Al parecer esta irregularidad se descubrió luego de que un grupo de ciudadanos advirtiera que les estaban entregando tarjetones premarcados a favor de Nelson Ricardo Mariño Velandia, candidato a la gobernación de Casanare por el movimiento Afrovides, y Wilmar Fermin, candidato a la alcaldía de Yopal por el Partido Liberal.
De otro lado, en Sucre, se presentaron  problemas en tres municipios. En Sampués, seguidores del candidato perdedor Yamil Dajud atacaron con piedras y palos la sede de la Registraduría y la Alcaldía.
Por su parte, en Ovejas, los simpatizantes de las dos campañas con las más altas votaciones se enfrentaron en plena plaza pública. Entre tanto, en Colosó, los seguidores de la campaña de Dager Paternina Alquerque, protagonizaron ataques contra la Registraduría. Según denuncias efectuadas, la situación en Colosó era previsible porque un grupo de personas ajenas a la Registraduría se encontraban dentro de la sede de la misma.
De otro lado, en Fundación, Magdalena, ciudadanos se tomaron las instalaciones de la Registraduría, en protesta por los resultados que dieron como ganadora a la Alcaldía de ese municipio a Luz Stella Durán.
La turba destruyó el material electoral, al igual que muebles y computadores. Durán tendría el respaldo del actual alcalde Libardo García, a quien también le habrían atacado su vivienda.
Asimismo, en Mahates, en el norte de Bolívar, una multitud levantó a piedras la alcaldía local. Según comentó el delegado de la Registraduría de Bolívar, los inconformes lanzaron botellas incendiarias.
Según las autoridades también se han presentado escaramuzas en los municipios de San Estanislao y en el corregimiento de Palermo (Sitionuevo, Magdalena).
De igual manera, en el municipio de La Palma, Cundinamarca, un grupo de personas ingresó por la fuerza a un colegio donde se adelantaba el conteo de votos, protagonizando fuertes disturbios.