El exciclista antioqueño Santiago Botero fue mencionado en las audiencias que se llevaban a cabo dentro de la investigación por la Operación Puerto.

De acuerdo con una grabación de una llamada telefónica, el doctor Eufemiano Fuentes recomendó a Botero que esperar a terminar una etapa de la Vuelta a Cataluña 2006 para seguir con su tratamiento, porque “después de una etapa muy dura sienta mejor” y “no es para andar más, sino para poner la base para después”.

Según lo que se escuchó, Fuentes dijo al colombiano: “prefiero que lo hagas mañana después de una etapa muy dura porque sienta mejor. Esto no es para andar más, sino para poner la base para después, pero poniendo la base uno se queda mal. Cuanto más cansado estés, mejor, mañana tu cuerpo está más receptivo. Todo lo que mañana sufras te viene bien para la comidita esa”.

En la conversación mantenida por Fuentes y Botero el 17 de mayo de 2006, intervenida por la Guardia Civil y escuchada en el juicio, el médico dio consejos y tranquilizó al corredor después de haber quedado a cinco segundos del líder, el suizo Fabian Cancellara, en el prólogo de la Volta.

En otra conversación, telefónica dada a conocer se reveló un nuevo nombre entre los sospechosos, el del exciclista José Antonio Escuredo, plata en keirin en los JO-2004, hoy seleccionador nacional en pista.

El diálogo revelado corresponde al 16 de mayo de 2006 entre el doctor Eufemiano Fuentes, principal responsable e imputado, y un hombre de nombre 'José', cuyo perfil corresponde al del excorredor en pista, quien también fue campeón mundial de keirin en Burdeos-2006.

“Para decir que estoy muy contento. Hice segundo otra vez. He sido el único corredor que ha estado en las cuatro últimas finales de acontecimientos del más alto nivel”, comentaba el mencionado 'José'

“Lo que tú me habías encargado ha llegado ya”, le dijo Fuentes, lo que hace presumir que se trataba de uno de sus clientes.