Boca se quedó con el  Torneo  de la Primera División de Argentina con tres colombianos en el plantel, Sebastián Pérez (Lesionado), Frank Fabra, y Wilmar Barrios. Pasaron más de 16  años desde que tres nacionales no vestían la camiseta de la bombonera en la misma plantilla. Desde que  Carlos Bianchi estaba  en el banquillo con Mauricio” El Chicho Serna”, Jorge “El Patrón” Bermúdez y Óscar Córdoba el conjunto del sur de Buenos Aires no tenía 3 colombianos en una misma temporada.

Bianchi marcó un hito en las páginas del azul y oro, convirtiéndolo campeón del torneo más importante de América tras 13 años de sequía. Además consiguió 4 Campeonatos de Primera División, dos Copas Intercontinentales, una ante el Real Madrid en el 2000   y la segunda  en el 2003 venciendo al A.C Milán por penales con una gran actuación de Roberto Abondanzieri.

La Copa Libertadores del 2000, tuvo como protagonista a Oscar Córdoba, quien atajó dos penales( Uno a Faustino Asprilla), ayudando a su equipo a conseguir la obtención de la otra mitad de la gloria. Córdoba estuvo en el equipo Xeneixe 5 años, donde consiguió  un Torneo Apertura, dos Torneos Clausura, dos Copas Libertadores y Dos Copas Intercontinentales. Dos años más tarde  sería transferido al Besiktas de Turquía. En la final contra el Madrid, también estaba en la alineación titular Jorge “El Patrón” Bermúdez, que llegó a Boca proveniente del Benfica. El Patrón más allá de conseguir seis títulos en boca  se convirtió en uno de los jugadores insignia del club, convirtiéndose en capitán, inclusive levantó la Intercontinental del año 2000. Bermúdez era una referencia defensiva junto con Walter Samuel.

 Mauricio”El Chicho” Serna fue parte de la mejor etapa de Boca. El mediocampista defensivo llegó en 1998 a el cuadro bostero, para convertirse en campeón en dos oportunidades de la Copa Libertadores. Además ganó las dos Copas Intercontinentales, un Torneo Clausura, y dos Torneos Apertura de la Primera División del Futbol Argentino. Serna es recordado por su temperamento aguerrido y por dar el mejor de su desempeño en cada partido. En una entrevista le preguntaron cual es la patada que con más fuerza le dio a un rival, y dijo que de tantas era muy difícil decidirse por una.

 Proveniente del Medellín que había alanzado el torneo apertura de 2003 de la mano del técnico Victor Luna, llego al club Luis Amaranto Perea. Un defensa que se robó el corazón de La Bombonera con su carácter y sus excelentes actaciones. Tocó suelo argentino en 2003, y ganó ese mismo año la Copa Intercontinental con el A.C Milán, que en ese entonces dirigía Carlo Ancelotti, actual entrenador del FC Bayern Munich. Amaranto también ganó ese año el Torneo Apertura de la Primera División del Futbol Argentino.

Un referente del América de Cali, Fabián Vargas se vestía de azul y dorado en la temporada 2004-2005. Su gran desempeño no hizo dudar a la directiva de Boca para comprar a Vargas, quien se coronó campeón de la Copa Sudamericana el año que llegó a Boca. En su paso por La Bombonera, el ex jugador e hincha de los diablos rojos,  ganó dos Copas Sudamericana, 4 Torneos Aperturas y 2 Recopas Sudamericanas.

Fredy Guarín tras un gran campeonato sub 20 disputado en Colombia se fue cedido a Boca, donde consiguió el Campeonato clausura. El club intento retenerlo pero se fue al Saint Etienne de la Ligue 1.

Jhon Jairo Tréllez tuvo un paso fugaz por Boca en la temporada 1994-1995, el jugador partiría rumbo al Juventude de  Brasil.