El ex ministro de Agricultura se declaró inocente por los delitos de peculado por apropiación e interés indebido en la celebración de contratos, dentro del proceso que se le adelanta por el escandalo de AIS.

Ante la Sala Penal de la Corte Suprema, Arias no aceptó los delitos que la fiscalía le endilgó en el llamado escándalo de Agro Ingreso Seguro (AIS).
Al considerar que el ex ministro habría utilizado el programa bandera de su administración como plataforma política para encontrar apoyo en empresarios para su precandidatura presidencial.
El fiscal delegado ante la Corte Suprema de Justicia, Martín Moreno, presentó un total de 543 pruebas en contra del ex ministro, entre la “avalancha” de pruebas destacan las cartas que éste envió a varios beneficiarios del AIS por los aportes voluntarios a su campaña presidencial. Una de ellas está fechada el 7 de junio de 2009 y está dirigida a Alfonso Dávila Abondano, uno de los mayores adjudicatarios de los recursos del AIS, donde agradece el aporte económico a su campaña presidencial.